จุลชีพแบ่งขั้นต้นออกเป็น 2 ประเภทใหญ่ ๆ คือ
ในกลุ่มของโปรคาริโอต ไวรัสจัดเป็นจุลชีพชั้นต่ำที่สุด ตัวมันมีเพียงสาย DNA หรือ RNA อย่างใดอย่างหนึ่ง ไม่สามารถเพาะขึ้นได้ในอาหารเลี้ยงเชื้อ และไม่ถูกทำลายด้วยยาปฏิชีวนะ (เพราะยาปฏิชีวนะออกฤทธิ์ที่ส่วนอื่นของเซลล์ ไม่ได้ทำลายสายโครโมโซมโดยตรง)
โดยทั่วไปการวินิจฉัยโรคติดเชื้ออย่างแน่ชัดคือการพบเชื้อต้องสงสัยในตัวอย่างที่มาจากในร่างกายของเรา สำหรับเชื้อที่ไม่สามารถเพาะขึ้นนอกเซลล์ได้ การวินิจฉัยที่แน่ชัดต้องอาศัยวิธีทาง PCR เท่านั้น ซึ่งมีค่าใช้จ่ายสูง และเพียงการปนเปื้อนเล็กน้อยก็อาจทำให้แปลผลผิดไปได้ การตรวจเลือดหาหลักฐานของการได้รับเชื้อชนิดนั้น ๆ ที่เรียกกันว่า IgM antibody ก็ต้องรอให้ร่างกายสร้างขึ้นก่อน ซึ่งกินเวลาประมาณ 1-2 สัปดาห์ อาจไม่ทันการในบางโรค ในทางปฏิบัติแพทย์จะอาศัยประวัติ อาการแสดง อาจร่วมกับการตัดโรคอื่นที่อาการคล้ายกันที่สามารถตรวจได้ออกไป แล้วเริ่มการรักษา แล้วดูผลการรักษาเป็นหลัก แบบนี้เรียกว่า "วินิจฉัยจากผลการรักษา" (Therapeutic diagnosis) แม้วิธีนี้อาจไม่สามารถระบุตัวเชื้อก่อโรคได้โดยตรง แต่ก็พอจะระบุกลุ่มของเชื้อที่ก่อให้เกิดโรคของอวัยวะนั้น ๆ ได้
ในกลุ่มของยูคาริโอต เราจำแนกใหญ่ ๆ ออกได้เป็นสองกลุ่มตามคุณสมบัติการเคลื่อนที่ได้หรือไม่ได้ (คล้ายสัตว์หรือพืช) และในระหว่างกลุ่มก็มีความแตกต่างกันในจำนวนเซลล์ วีธีการสืบพันธุ์ รูปร่าง และวงจรชีวิต
การวินิจฉัยโรคที่เกิดจากเชื้อกลุ่มนี้มักง่ายกว่า เพราะมันตัวใหญ่พอที่จะเห็นรายละเอียดได้จากกล้องจุลทรรศน์ หรือแม้กระทั่งตาเปล่า อย่างไรก็ตาม การระบุเชื้อที่แน่ชัดสำหรับเชื้อราก็ยังคงอาศัยผลการเพาะเชื้อเป็นหลัก และสำหรับโปรโตซัวหรือหนอนพยาธิก็คือการพบไข่หรือตัวอ่อนของมันในระยะต่าง ๆ ภายในร่างกายของมนุษย์